L’orde de framenors caputxins, després de moltes tensions i dificultats, l’any 1677, aconseguí bastir un convent, a extramurs de la ciutat de Palma, dedicat a la Immaculada Concepció, a l’indret conegut popularment per “hort de ses murtreres”. El govern del rei Carles III, per raons estratègiques, ordenà d’enderrocar-lo l’any 1771 i tot seguit es posà la primera pedra d’un nou convent, ubicat ja a l’interior de la ciutat, el dia 4 de novembre de 1778. La direcció de les obres anaren a càrrec del P.Miquel de Petra –nebot del beat Juniper Serra – matemàtic i arquitecte de gran reputació. L’església fou consagrada el 3 de setembre de 1791 i juntament amb el convent, com totes les cases de religiosos, hagué d’abandonar-se ran de les lleis desamortitzadores i exclaustradores de 1835 i 1836.
L’edifici conventual fou convertit en presó, però l’església, per mediació del bisbe de Mallorca, fou retornada als caputxins l’any 1906, restaurant d’aquesta faisó la presència caputxina a la capital de les Illes Balears.
